色々書きましたが、結局のところ、以下のような方法が一番最適だと思われます。python上に、色々とライブラリーをのせると、動作の相性が良くないものも一緒になり、アンインストールが面倒です。また、プロジェクトごとに、使用したいライブラリーやバージョンが違う場合もあります。
1.仮想環境をつくる
2.anacondaをネットから、インストールし、仮想環境に入れる
3.上記、二つの空間に、anaconda pip install で、ライブラリを乗せていく
4.jupyter notebook で機械学習開始
化学、有機化学、機械学習、ディープラーニング