macでプログラミングを始めてみよう(有機化学での機械学習)

プログラミング 有機化学

mac m1 で有機化学の機械学習をしてみよう。

m1チップは、高速な処理が可能なので、有機合成のような、プログラミングには、もってこいだと思います。windowsでの経験もありますが、macの方が、使いやすいなと個人的には感じます。

 

まずは、pythonの環境構築から設定してみます。

 

 

1. macのFinderでterminal app.を開きます。

 

2. 以下を実行してみましょう。

  • ターミナル.appで叩いたコマンドと結果

    • ターミナルの場所：Finderでアプリケーション>ユーティリティ>ターミナル.app

  • python -V -> Python 2.7.16

  • which python -> /usr/bin/python

  • python3 -V -> Python 3.8.2

  • which python3 -> /usr/bin/python3

    • missing xcrun at :/Library/Developer/CommandLineTools/usr/bin/xcrun
    • というエラーになったら、それはXcode Command Line Toolsがインストールされてないようなので
    • コマンド xcode-select --install を叩いて まずCommand Line Toolsをインストールしてみてください
  • インストールには、１０分程度かかりました。 
    python3 --version

で、pythonのverが、最新になっていることを確認しても良いでしょう。

 

 

3. 化学分野で機械学習をするには、jupyter notebookが使いやすいので、インストールします。

  • pip3 install jupyter

pipのverが古いようなので、インストールできなかった場合は、一度pipをアンインストールします。アップグレードしようと試みましたが、そもそも、pipが古いverなので、アップグレードはできませんでした。なので、アンインストールが必要です。

  • Sudo pip uninstall pip

アンインストールします。すると、なぜかpipのverが新しくなったファイルが作成されました。

  • sudo pip3 install jupyter

やっと、jupyter notebook をインストールできました。これには、3分程度かかります。

  • jupyter notebook 

これで、jupyter notebookのサイトに飛ぶはずです。ここで、飛ばない場合は、pathが通っていません。pathを通す作業が必要になります。

pip3 show jupyter

でpathを確認します。おそらく、Location: /Library/Python/3.8/site-packagesとなっています。

echo $SHELL

デフォルトのシェルを確認します/bin/zshになっているはずです。そりゃ、path通らないなと。。。早く、ディープラーニングで、有機合成を体験してみたいと思っているでしょうが、少し辛抱します。では、pathの設定をしていきます。

まずは、ターミナルを新規で開いきます。
その後、　vi .zprofile 　　を入力。export PATH=$PATH:~/Library/Python/3.8/binのpathを入力することで、通ります。設定反映コードは、source .zprofileですが、入力しなくても、なぜかpathの設定をすることができました。

 

  • jupyter notebook 

ちゃんと、jupyter notebook を開くことができましたね。これで、初期の環境構築は、できました。他の必要なことについて、インストールしていきましょう。

m１チップになり、intelと違う点もあるようなので、環境構築の方法について、記載しました。